Dogodki in novosti
Kadrovske zadeve
Diplomanti, podiplomci
Predavanja, obiski
Članki
Računalniki
Razpisi, konference
Finančno stanje
Interni pravilniki in navodila
Arhiv
Prispevki
                                                    če znakov s strešicami ne vidite pravilno, poskusite tole: KLIK!

DOGODKI IN NOVOSTI
 

29. oktobra je Boris Rogelj odšel za 5-mesecev v Wageningen, kjer bo v laboratoriju Maartena Jongsme študiral interakcije med proteaznimi inhibitorji in parazitskimi proteazami.

Istega dne je v Delovi prilogi 'Znanje za razvoj' izšel članek Roberta Kuhlja, v katerem predstavlja letošnje dobitnike Nobelove nagrade za kemijo, predvsem pa molekule, ki so jih preučevali - ATPaze.

12. novembra smo iz dnevnega časopisja izvedeli, da je letošnji državni nagrajenec za vrhunske znanstvene dosežke na področju molekularne biologije prof. dr. Franc Gubenšek z našega odseka; zvečer istega dne pa smo lahko na nacionalni televiziji spremljali posnetek podelitve, ki je bila v stavbi Filharmonije.

20. novembra je bil sestanek direktorja z vsemi raziskovalci s področja kemije in biokemije na IJS. Obvestil nas je o finančnem stanju instituta, o pripravah za ustanovitev podiplomske univerze, ki jo ustanavlja KORIS (Koordinacija raziskovalnih institutov Slovenije), in o spremembah v financiranju raziskovalnih skupin in programov, ki jih načrtuje MZT.

27. novembra se je začelo podpisovanje podpore predlogu proračuna MZT za leto 1998. Stroške objave (predvidena je za soboto, 29. novembra) bomo krili podpisniki sami.

Cistatin B je molekula, ki je po mnenju raziskovalcev na Weizmannovem institutu v Izraelu, med najobetavnejšimi tarčami za razvoj zdravil. Več o tem na njihovi posebni domači strani.
 

KADROVSKE ZADEVE

Boris Rogelj je sicer začasno na Nizozemskem (strokovno se izpopolnjuje na CPRO-DLO v Wageningnu in se vrne konec marca ali v začetku aprila), šitrje sodelavci so na porodniškem dopustu (Mojca Trstenjak Prebanda, Barbka Repič Lampret, Ana Schweiger in Jože Brzin), eden (Iztok Dolenc) pa na podaljšanem podoktorskem izpopolnjevanju (na IJS ne dobiva plače), tako da nas je na odseku skupaj zaposlenih 56, imamo pa še dva (starejša) štipendista (Adrijano in Rogerja). Nataša Kopitar Jerala je od 24. novembra do 19. decembra na strokovnem izpopolnjevanju v Padričah pri Trstu (ICGB).

DIPLOMANTI, PODIPLOMCI
 

V novembru je z diplomsko nalogo začela  Tina Lenasi, ki bo pod mentorstvom Brigite Lenarčič pripravila 3. domeno ekvistatina (delovni naslov je: Ekspresija in izolacija 3. domene ekvistatina).

Zanekrat je prosta samo še ena razpisana tema za diplomsko nalogo. Ponovno bi rad spomnil, da naj vsak sodelavec odseka, ki ima idejo za diplomsko nalogo, izpolni formular, v katerega naj vpiše najnujnejše podatke o temi, priporočeni literaturi in tehnikah ter ga odda (v. d.) vodji odseka ali kateremu od vodij projektov - vodje projektov morajo vsekakor biti obveščeni o predlogu za dipl. nalogo. Formular je dostopen vsem in ga najdete na odsečni mreži (naslov E:\user\odsek\dform1.doc); tam je tudi izpolnjen primer (dprim1.doc). Obe datoteki sta pripravljeni s programom Word6. (Prosim, ne izpolnjujte formularja na računalniku, dokler ga ne preimenujete.)

Zagovori:

10. novembra je doktorirala Nataša Kopitar-Jerala.
 

PREDAVANJA, OBISKI

Odsečni četrtkovi seminarji v angleščini, za katere skrbi Roger Pain, so se začeli v prvem tednu novembra.
 
27. oktobra je bil na kratkem obisku na odseku generalni tajnik flamske Fundacije za znanstvene raziskave.

3. novembra je odsek obiskal argentinski državni sekretar (minister) za znanost in tehnologijo, dr. Juan Carlos Del Bello, ki ga je spremljal argentinski veleposlanik v Sloveniji, g. Andres Pesci Bourel.
 
 

ČLANKI

Še v začetku julija smo dobili na odsek naslednje reprinte:
 

Hans-Heinrich Heidtmann, Ursula Salge, Magnus Abrahamson, Mojca Benčina, Lili Kastelic, Nataša  Kopitar-Jerala, Vito Turk, Tamara T. Lah : Cathepsin B and cysteine proteinase inhibitors in human lung cancer cell lines (Clin. Exp. Metastasis 15, 368-381(1997); faktor citiranosti 2.330; reprint S-572). Delo, opravljeno v Marburgu, Lundu in Ljubljani, zajema analizo več pljučnih rakastih celičnih linij. Na proteinskem nivoju so ugotavljali stopnjo ekspresije in aktivnost (pro)katepsina B in inhibitorjev cisteinskih proteinaz (ločeno stefini/cistatini/kininogeni) in njihovo znotraj/zunajcelično prisotnost. Ugotovili so, da gre večina inhibitorne aktivnosti na račun kininogenov. Več kot 80% cistatina C je bilo v mediju. Forbolni ester je stimulativno vplival na ekspresijo in aktivnost katepsina B, pri nekaterih celičnih tipih pa se je bistveno znižala količina stefina A.

Gregor Anderluh, Jože Pungerčar, Igor Križaj, Borut Štrukelj, Franc Gubenšek, Peter Maček: N-terminal truncation mutagenesis of equinatoxin II, a pore-forming protein from the sea anemone Actinia equina (Protein Engineering 10, 751-755 (1997); faktor citiranosti 3.605; reprint S-573). Avtorji so pripravili delecijske mutante ekvinatoksina II, ki jim je manjkalo 5, 10 oz. 33 aminokislin na N-terminalnem koncu. Mutanta, ki ji je manjkalo 33 aminokislin je bila netopna, medtem ko so za ostali dve mutanti ugotovili, da se vežeta na sfingomielin in eritrocite bolje od w.t. toksina, medtem ko je bila hemolizna aktivnost manjša kot pri nemutiranem proteinu. Iz rezultatov izhaja, da N-teminalni del ekvinatoksina II ni odločilen za vezavo na membrane, da pa verjetno sodeluje pri tvorbi funkcionalnih por v membranah.

Marjetka Podobnik, Robert Kuhelj, Vito Turk, Dušan Turk: Crystal structure of the wild-type human procathepsin B at 2.5 A resolution reveals the native active site of a papain-like cysteine protease zymogen (J. Mol. Biol. 271, 774-788 (1997); faktor citiranosti 5.346; reprint S-574). Članek predstavlja razširjeno doktorsko delo Marjetke Podobnik. Razložena je trodimenzionalna struktura prokatepsina B z resolucijo 2.5 A, ki potrjuje predhodno objavljeno strukturo (D. Turk, M. Podobnik et al., 1996, FEBS Lett. 384, reprint S-527). Propeptidni del je zvit na površini molekule in zapira substratu dostop do aktivnega mesta, ki je že v celoti oblikovano. Prostor med propeptidno verigo in ostankom molekule zapolnjujejo molekule topila. Zaporna zanka (occluding loop) je fleskibilna in se neodvisno od ostale molekule prilagaja značilnostim okolja. Iz ugotovljene strukture avtorji sklepajo, da aktivacija proencima ne more biti unimolekularen proces.
 
 

RAČUNALNIKI

Še vedno velja, da za dostop do računalniškega omrežja uporabljajte svoja uporabniška imena in gesla; splošen dostop je mogoč samo v knjižnici. Po zaključku dela na računalnikih se ne pozabite izključiti z omrežja. Kadarkoli se priključite s svojim geslom (ne glede na to, s katerega računalnika) imate na voljo dostop do diska N:, kamor ne more spravljati datotek nihče drug razen vas.

Računalnik 'eva' v knjižnici je ponovno v celoti uporaben; zamenjali smo tudi mrežno kartico, vendar računalnik vseeno še ni dostopen na omrežju.

Za 199 GBP smo naročili software, s katerim je mogoče denzitometrično kvantificirati skenirane gele ali blote. Program se imenuje Quantiscan in bo naložen na računalniku 'tea' v sobi B406 (ob skenerju).

Tiskalnik HPIIP je ponovno popravljen. Ker obstoječi tiskalniki ne zadoščajo več vse večjim potrebam na odseku, smo se odločili kupiti nov mrežni tiskalnik - dobili naj bi ga že v naslednjih dneh, vendar sprva še ne bo imel opcije dvostranskega tiskanja. Po nekajmesečnih težavah je ponovno mogoče tiskati v barvah tudi na tiskalnik HP DeskJet 560C, ki je v sobi B406, vendar boste verjetno morali ponovno instalirati gonilnik.

RAZPISI

Razpisi za mednarodne projekte prihajajo skoraj vsak mesec in visijo najprej nekaj dni na oglasni deski v 4. nadstropju, kasneje pa jih večino premestimo v 3. nadstropje, kjer naj bi bila oglasna deska rezervirana za obvestila o kongresih, mednarodnem sodelovanju in štipendijah.

Na voljo so štipendije NATO za raziskave in predavanja na grških institutcijah - informacije pri gospej Tatjani Močnik (int. 3680). Prijave zbirajo od januarja do maja '98.

Evropska znanstvena fundacija organizira konference pod skupnim imenom EURESCO. Seznam in prijavni obrazi so na voljo na Internetu (http://www.esf.org/euresco).

Izšel je razpis MZT za sofinanciranje znanstvenih sestankov v letu 1998. Rok na IJS je do 5. decembra; kontaktna oseba gospa Nuša Koštial (uprava).

IJS je izdaj razpis za Zlati znak Jožefa Stefana za leto 1998. Rok za prijavo je 12.1.1998.

Koordinacijski odbor za izmenjavo študentskih praks ŠOU zbira prijave prostih mest za strokovno prakso za tuje študente. Posamezna praksa naj bi trajala vsaj 4 tedne, zaželen termin je junij - september. Študentu je treba zagotoviti plačilo v višini plače pripravnika na ustreznem delovnem mestu. Rok za prijavo je 12. december; dodatne informacije: Marko (B406).

Nezani pošiljatelj mi je posredoval informacijo o znanstvenih in strokovnih revijah, ki jih izdaja založba Kluwer Academic Publishers. Brošuro si lahko ogledate v Bimbo baru, informacije pa so tudi na WWW (http://www.wkap.nl). V isti kuverti pa je bila tudi informacija založbe Mezhdunarodnaya kniga o CD-ROMih, ki jih izdajajo, ter o njihovih elektronskih časopisih. Več o tem na domači stani te založbe (http://www.mkniga.ru).
 

FINANČNO STANJE

Kot običajno, v tej rubriki navajam nekaj podatkov o cenah popravil v zadnjem času:

V novembru smo plačali račun za popravilo aminokislinskega analizatorja. Napake, ki so se pojavile že v juniju, so odpravili šele jeseni, račun pa je bil zaradi menjave dveh pomembnih elektronskih sklopov ogromen, kar 1.400.000 SIT. Prav tako v novembru smo plačali za popravilo Sorvallove centrifuge 110.000 SIT.  Popravilo spektrofotometra lambda-3 je stalo 23.000 SIT, popravilo hladne sobe 36.000 SIT. Račun za popravilo LKBjevega spektrofotometra je znašal 27.200 SIT (+ UV žarnica 82.400 SIT), 2 rekorderjev in 2 kolektorjev pa skupaj še 88.200 SIT. Popravilo laserskega tiskalnika IIP je stalo 54.000 SIT (več kot pol cene novega, boljšega).
 
Kot že veste, od sredine februarja vsa naročila, ki gredo z odseka, evidentiramo računalniško. Odsečna tajnica, gospa Alenka, vpiše vse, kar naročate, v tabelo skupaj z vašim imenom in kontom, s katerega bo naročeno blago plačano. S tem bodo vodje projektov dobili boljši vpogled v naročila, ki se plačujejo z njihovega projekta. Veliko drobnih stvari, ki jih rabijo raziskovalci z več projektov, bremenijo enotni odsečni konto (1188). Ti stroški se ob obračunu delijo proporcionalno glede na izplačane plače s posameznega konta. Vse, kar pa gre za rabo na samo enem projektu, pa bremeni konte teh nalog. Naloge za nabavo razen mene podpiše v tem primeru tudi nosilec naloge (za nalogo prof. Vita Turka pa Boris Turk). Postopno bomo prešli na kupovanje večine dražjih kemikalij po kontih posameznih projektov.

Od julija naprej velja ločevanje stroškov tudi pri institutskem fotografu; ko mu predate material za fotografiranje, mu morate povedati tudi, na katerem projektu delate, da bo lahko obremenil konto projekta. Pri prvem naročilu s posameznega projekta morate s seboj prinesti tudi podpisano naročilnico za delo (dobite jo pri tajnici). Naročilnici za projektni skupini prof. Turka in Jožeta Brzina sta že izdani, zato jih sodelavci s teh dveh projektov ne nosite ponovno. Slike za diplomske naloge naj pripravi fotograf le v primeru, da jih boste kasneje lahko vključili v članek, sicer pa jih fotokopirajte, posnemite na polaroiodni film ali poskenirajte ter natisnite. Ena slika iz negativa stane na IJS 400 SIT, ne glede na to, ali naročite eno ali več povečav. En diapozitiv pa stane 1.000 SIT, kar je izredno drago, saj nas na odseku, če diapozitiv pripravimo sami, stane vsega 85 SIT (pod pogojem, da poslikamo ves film naenkrat). Račun za institutskega fotografa bo za prvega pol leta znašal približno 320.000 SIT (lani celo leto 723.300 SIT, predlani 1.227.700 SIT), kar pomeni, da stroški sicer upadajo, so pa še vedno zelo visoki. Vsaj pri pripravi diapozitivov pa bi lahko še veliko prihranili, saj jih znamo sami pripraviti skoraj tako dobro, kot profesionalni fotograf.
 

INTERNI PRAVILNIKI IN NAVODILA

Razen inštitutskih pravilnikov imamo na odseku dva interna pravilnika, in sicer za delo z radioaktivnimi snovmi. Oba sta na voljo v laboratorijih, kjer te izotope uporabljamo - za delo z jodom v laboratoriju v stavbi hlevčka, za delo z žveplom in fosforjem pa v izotopnem laboratoriju v 4. nadstropju. Po en izvod je na vpogled tudi v odsečni pisarni.

Februarja smo začeli z dežurstvi, ki naj bi zagotovili več reda v skupnih delovnih prostorih, predvsem merilnicah in digestorijih. Če kje naletite na nered, pokličite dežurnega, ki mora poskrbeti, da so delovne površine čiste in urejene. Seznam je nalepljen na vrata merilnice v 3. nadstropju in na steno temnice v 4. nadstropju. Konec leta ga bomo dopolnili z novimi sodelavci, treba pa bo narediti tudi nov senam zadolžitev za aparature.

ARHIV

Seznam za zdravje nevarnih snovi, ki jih uporabljamo na odseku.
O prijavi diplomskih nalog (delovni mentorji).
Seznam vseh objavljenih člankov z našega odseka za leta 1995, 1996 in 1997.

Prejšnje številke Novic:
1. številka (april '97)
2. številka (maj '97)
3. številka (junij '97)
4. številka (julij/avgust '97)
5. številka (oktober/november '97)

PRISPEVKI

Pošiljajte obvestila o dogodkih, problemih, predloge za izboljšave in ideje na naslov Marko.Dolinar@IJS.SI. Hvala vsem, ki ste mi doslej pisali in sporočali popravke in predloge.

Nazaj na domačo stran Odseka za biokemijo in molekularno biologijo IJS

Št. 1 - 6, izdana 27. novembra 1997, zadnja sprememba 4.decembra 1997